| 1974年（昭和49年） | 京都大学防災研究所に「宮崎地殻変動観測所」として設置される |
| 1976年（昭和51年） | 宮崎観測点における地殻変動・地震観測を開始 |
| 1986年（昭和61年） | 伊佐観測点における地殻変動観測を開始 |
| 1986年（昭和61年） | 串間観測点における地殻変動・地震観測を開始 |
| 1986年（昭和61年） | 大隅観測点における地殻変動観測を開始 |
| 1986年（昭和61年） | 高城観測点における地殻変動・地震観測を開始 |
| 1986年（昭和61年） | 宿毛観測点における地殻変動・地震観測を開始 |
| 1990年（平成2年） | 京都大学防災研究所に「地震予知研究センター」が設置されたのに伴い，同センター附属宮崎観測所となる |
| 1996年（平成8年） | 宮崎市沖の日向灘でMj6.9（10月），Mj6.7（12月）の地震が発生 |
| 2005年（平成17年） | 伊佐・大隅・串間・高城観測点における地震観測を終了 |
| 2011年（平成23年） | 霧島山・新燃岳の噴火（約300年ぶりのマグマ噴火） |
| 2015年（平成27年） | 串間観測点における地震観測を再開 |
| 2016年（平成28年） | 平成28年（2016年）熊本地震が発生 |
| 2017年（平成29年） | 宮崎観測所におけるGNSS観測を開始 |
| 2017年（平成29年） | 槙峰観測点における地殻変動連続観測を休止 |
| 2017年（平成29年） | 10月に霧島山・新燃岳が7年ぶりに噴火 |
| 2018年（平成30年） | 霧島山・新燃岳の噴火（2011年以来のマグマ噴火） |
| 2018年（平成30年） | 串間・高城・大隅観測点における地殻変動連続観測を休止．宮崎観測所研究棟新館1Fに強震計を設置． |
| 2018年（平成30年） | 初の一般公開を開催（京大ウィークス2018） |
| 2018年（平成30年） | 伊佐観測点におけるGNSS観測を開始 |
| 2019年（令和元年） | 宮崎市沖の日向灘でMj6.3の地震が発生 |
| 2022年（令和4年） | 改組に伴い，防災研究所附属地震災害研究センター附属宮崎観測所となる |
| 2023年（令和5年） | 宮崎県と防災研究所が連携協定を締結 |
| 2024年（令和6年） | 宮崎公立大学と防災研究所が学術交流協定を締結 |
